≪第1期≫（2003年～2005年1月）
≪第2期≫（2005年5月～、費用：1,408,060米ドル）
≪第3期≫（2008年6月～2011年4月、費用：1,544,710米ドル）
≪第4期≫（2012年3月～2014年8月、費用：1,564,070米ドル）
（※費用：第1～3期：4,781,737米ドル）

【東京文化財研究所の協力】
20余年にわたる戦火やターリバーン政権による爆破、盗取によって破壊されたバーミヤーン遺跡の文化遺産を保存・修復する。
≪第１期≫
事業は、①「壁画の保存」、②「予備的保存・活用計画案の策定」、③「両大仏の崖、龕および残存物の補強」の3 つの柱からなっている。当研究所は、ユネスコとの契約に基づいて①、②の 2 つの事業を遂行する。
・第1次ミッションの派遣：予備的保存・活用計画案の策定のための事前調査、壁画の保存修復のための壁画片収集と石窟の一時的閉鎖
・第2次ミッションの派遣：壁画の保存修復のための壁画片収集と石窟の一時的閉鎖
・第3次ミッション（2004年6月12日～7月2日）の派遣：予備的保存・活用計画案(マスタープラン)の策定、考古遺跡の分布調査、壁画の保存を実施
・予備的保存・活用計画案の作成・出版

≪第2期≫
第2期は、①「壁画の保存」、②「予備的保存・活用計画の策定」、③「東西大仏龕および崖の補強」、④「東西大仏の破片の保存」、⑤「考古学的プロジェクト」、⑥「保存と管理に関するアフガニスタン人専門家の育成」からなっている。当研究所は、ユネスコとの契約に基づき、アフガニスタン情報文化観光省と共同で、①、②、⑤の事業を遂行する。
・第4 次ミッション（2005年6 月13 日～7月16 日）、第 5 次ミッション（2005年11月5 日～12月13日）の派遣：壁画の保存（バーミヤーン仏教壁画片資料のインヴェントリー作成及び安全な保管、バーミヤーン仏教壁画の状態記録作成、バーミヤーン仏教壁画の応急的保存修復措置、石窟内微環境及びその周辺環境の観測）
・考古遺跡の分布調査
・第 6次ミッション（2006 年6月19日～7月14 日）、第 7 次ミッション（2006 年9月11日～10月16日）の派遣：壁画（I窟、N（a）窟）の保存修復事業を実施。併せてアフガニスタン人専門家と共同で作業を行うことによって人材育成を実施。
・バーミヤーン遺跡の「予備的保存・活用計画案」策定
・第8次ミッション（2007年6月9日～7月15日）の派遣：壁画（I窟、N（a）窟）の保存修復事業と考古学調査を実施。併せてアフガニスタン人専門家と共同で作業を行うことによって人材育成を実施

≪第3期≫
・アフガニスタンの考古学専門家の人材育成・技術移転
・バーミヤーン仏教石窟出土の樺皮文書の保存修復及び専門家の人材育成・技術移転
・第9次ミッション（2009年6月23日～7月9日）の派遣：第8次ミッションまでに保存修復処置を行った石窟壁画の状態調査、これまでの調査で得られた壁画片や考古遺物の保管庫への移送、放射性炭素年代測定に供する試料の追加採取
・第10次ミッション（2010年7月9日～30日）の派遣：東大仏龕の西側に隣接するC⒜窟・C⒝窟・D窟・D１窟の壁画の状態調査と応急的な保存修復処置、第6次～第8次ミッションで実施したN⒜窟とI窟における壁画の保存修復処置の経過観察、次年度以降の調査候補地の視察、第8次ミッションまでの考古学調査で得られた考古遺物の整理

≪第4期≫
・人材育成・技術移転
・第11回、第12回ユネスコ・バーミヤーン遺跡保存事業専門家会議への出席
・第11次ミッション（2013年9月28日～10月6 日）の派遣：保存修復処置を実施したバーミヤーン谷I窟・N(a)窟・C(a)窟・C(b)窟・D窟・D1窟の壁画の状態調査、フォーラーディ谷石窟及び壁画の状態調査、上記の作業を通したアフガニスタン専門家の人材育成・技術移転
・資料集の作成、報告書の作成・出版